La Universidad Nacional Intercultural de Quillabamba fue creada por Ley N° 29620 de fecha 30 de noviembre del año 2010, sobre la base de las carreras profesionales de Agronomía Tropical, Ingeniería de Industria Alimentaria y Ecoturismo de la Universidad Nacional de San Antonio de Abad del Cusco con sede en Quillabamba.

La Municipalidad Provincial de la Convención por acuerdo de Concejo N° 091-2015-SGMPLC donó a la Universidad a perpetuidad 15.11 hectareas de terrenos en el Fundo Potrero, donde se viene construyendo la moderna ciudad universitaria.

El jueves 20 de junio del 2019 fue publicada en el Diario Oficial el Peruano la Ley 30966, la misma que modifica la Ley 29620, que crea la Universidad Nacional Intercultural de Quillabamba.

El martes dos de julio del 2019 fue publicada en el Diario Oficial El Peruano la Resolución del Consejo Directivo Nro. 85-2019-SUNEDU/CD, la cual otorga el LICENCIAMIENTO INSTITUCIONAL por seis años a la Universidad Nacional Intercultural de Quillabamba, luego de corroborar el cumplimiento de las Condiciones Básicas de Calidad establecidas en la Ley Universitaria.

El martes 16 de julio se realizó la Ceremonia de Entrega de la Resolución de Licenciamiento Institucional por parte de la SUNEDU, acto que tuvo lugar en la plaza de armas de la ciudad de Quillabamba con la participación de las autoridades locales, regionales y nacionales y con la presencia de la sociedad civil convenciana.